ISO9001認證分為初次認證、年度監督檢查和再認證等，詳細如下：
一、初次認證
1、企業將填寫好的《　ISO9001認證申請表》連同認證要求中有關材料報給認證機構。認證機構收到申請認證材料后，會對文件進行初審，吻合要求后發放《受理關照書》(這意味著假如材料提交不全，就取得不了受理的資格，更談不上簽合同繳費了。這一點請申請認證的企業和咨詢指點機構的工作人員給以充足正視，以免因此影響進度)，申請認證的企業根據《受理關照書》來與認證機構簽訂合同。
2、認證機構收到企業的全額認證費后，向企業發出組成現場檢查組的關照，并在現場檢查一周前將檢查組組成和檢查計劃正式報企業確認。
3、現場檢查按ISO9001:2008標準的要求進行，審核前關照企業審核的日期和時間。審核時審核組召開首次會媾和末次會議。
4、審核組根據企業申請材料、現場檢查情況、撰寫審核報告，提交技術委員會審查。    
5、認證中間收到技術委員會審查意見后，匯總審查意見，報認證中間總經理批準。
6、認證中間向認證合格企業頒發ISO9001:2008質量管理系統認證證書，組織通知布告和宣傳。
7、獲證企業如需標識，可向認證中間訂購;如有特別印制要求，應向認證中間提出申請并備案。
8、年度監督審核每年一次。
二、年度監督檢查      
1、認證中間根據企業認證證書發放時間，制定年檢計劃，提前向企業下發年檢關照。企業按合同要求繳納年度監督管理費，認證中間組成檢查組，到企業進行現場檢查工作。
2、現場檢查時，對必要進行檢驗的產品，由檢查組負責對申請認證的產品進行抽樣并封樣，送指定的檢驗機構檢驗。
3、檢查組根據企業材料、檢查報告、產品檢驗報告撰寫綜合評價報告，報認證中間總經理批準。
4、年度監督檢查每年一次。
三、復評認證     
3年到期的企業，應重新填寫《　ISO9001認證申請表》，連同有關材料報認證中間。其余認證程序同初次認證。